噴霧干燥技術在制藥行業中得到廣泛應用，該技術常用于高熱敏性藥品和料液濃縮過程中易分解藥品的干燥。在應用過程中，不同原料藥會對噴霧干燥產生不同的特殊要求。如何達到這些要求是生產者和使用者雙方共同關心的問題。
 
噴霧干燥是連續生產過程，其密閉循環系統的控制點包括：進料濃度、進料速度、進風速度、進風溫度、系統壓力、各部件壓差、氣體純度檢測等，依靠傳統的手動調節非常困難，所以必須加強系統的自控性。一套好的自控系統，可以使整個噴霧干燥系統運轉順暢，降低產品的不合格率，減少安全隱患。
 
原料藥經過噴霧干燥后，還需要進一步完成制劑工藝，因此在提高制劑效果和終藥品的服用吸收效果方面，不同的生產要求會對噴霧干燥產品的物理性質提出不同的要求。改變霧化的分散度或適當改變操作條件以控制干燥速率，可以制得具有不同堆密度的產品，但變化的幅度有限。
 
另外，口服原料藥還會有一些特殊的要求，比如顆粒形狀等。生產實踐證明，通過改變霧化方式可以得到不同形狀的顆粒。

有些原料藥生產的主要工序需要在10萬級的潔凈環境中進行，噴霧干燥是其質量控制的重要工序。為保證藥品的質量，噴霧干燥機接觸物料的部分要采用不銹鋼材質，對于酸腐蝕性較強的物料好選用316L不銹鋼。干燥腔、旋風分離器、過濾器等直接接觸物料的部件，應內壁光滑，無死角，易于拆卸，方便清洗。

噴霧干燥機由于體系龐大，不能整體都放在潔凈區域，氣流干燥機經常只將收集物料的部分放在潔凈區，這種情況下就要求系統密閉性能好，以防外部污染系統。